MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 chromosome

Total Repeats: 95432

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012225	AATA	2	8	29	36	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012225	AATA	2	8	97	104	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012225	AATA	2	8	165	172	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012225	AATA	2	8	233	240	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
5	NC_012225	AATA	2	8	301	308	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
6	NC_012225	AATA	2	8	370	377	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
7	NC_012225	AATA	2	8	439	446	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
8	NC_012225	AATA	2	8	508	515	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
9	NC_012225	AATA	2	8	577	584	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
10	NC_012225	AATA	2	8	646	653	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012225	CAT	2	6	767	772	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618952
12	NC_012225	CTA	2	6	788	793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618952
13	NC_012225	GAA	2	6	805	810	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618952
14	NC_012225	ATT	2	6	821	826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618952
15	NC_012225	A	6	6	897	902	100 %	0 %	0 %	0 %	225618952
16	NC_012225	TGA	2	6	960	965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618952
17	NC_012225	GATT	2	8	1028	1035	25 %	50 %	25 %	0 %	225618952
18	NC_012225	ATA	2	6	1052	1057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618952
19	NC_012225	TAT	2	6	1110	1115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618952
20	NC_012225	TGA	2	6	1116	1121	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618952
21	NC_012225	ATT	2	6	1127	1132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618952
22	NC_012225	ATC	2	6	1182	1187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618952
23	NC_012225	A	7	7	1209	1215	100 %	0 %	0 %	0 %	225618952
24	NC_012225	CGG	2	6	1251	1256	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	225618952
25	NC_012225	AAT	2	6	1336	1341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618952
26	NC_012225	A	6	6	1342	1347	100 %	0 %	0 %	0 %	225618952
27	NC_012225	TAA	2	6	1356	1361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618952
28	NC_012225	ATTT	2	8	1384	1391	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012225	ATT	2	6	1396	1401	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012225	TTA	2	6	1424	1429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012225	TAT	3	9	1435	1443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012225	A	6	6	1448	1453	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012225	AT	3	6	1463	1468	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012225	ATA	8	24	1478	1501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
35	NC_012225	AT	3	6	1527	1532	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
36	NC_012225	TTTTG	2	10	1587	1596	0 %	80 %	20 %	0 %	225618953
37	NC_012225	ACT	2	6	1612	1617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618953
38	NC_012225	TAA	2	6	1631	1636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
39	NC_012225	ATA	2	6	1639	1644	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
40	NC_012225	A	6	6	1648	1653	100 %	0 %	0 %	0 %	225618953
41	NC_012225	TA	3	6	1661	1666	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
42	NC_012225	TAA	2	6	1691	1696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
43	NC_012225	T	7	7	1706	1712	0 %	100 %	0 %	0 %	225618953
44	NC_012225	TA	3	6	1730	1735	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
45	NC_012225	TTA	2	6	1779	1784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618953
46	NC_012225	TA	3	6	1783	1788	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
47	NC_012225	TAG	2	6	1808	1813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618953
48	NC_012225	TAT	2	6	1815	1820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618953
49	NC_012225	AG	3	6	1828	1833	50 %	0 %	50 %	0 %	225618953
50	NC_012225	A	7	7	1834	1840	100 %	0 %	0 %	0 %	225618953
51	NC_012225	GCA	2	6	1855	1860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225618953
52	NC_012225	ATT	2	6	1861	1866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618953
53	NC_012225	CCT	2	6	1912	1917	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225618953
54	NC_012225	T	6	6	1927	1932	0 %	100 %	0 %	0 %	225618953
55	NC_012225	A	6	6	1966	1971	100 %	0 %	0 %	0 %	225618953
56	NC_012225	AT	3	6	1978	1983	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
57	NC_012225	ACT	2	6	2011	2016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618953
58	NC_012225	AAT	2	6	2034	2039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
59	NC_012225	AT	3	6	2050	2055	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
60	NC_012225	CTC	2	6	2066	2071	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225618953
61	NC_012225	AGC	2	6	2145	2150	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225618953
62	NC_012225	TTC	2	6	2180	2185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618953
63	NC_012225	T	6	6	2200	2205	0 %	100 %	0 %	0 %	225618953
64	NC_012225	TACTT	2	10	2208	2217	20 %	60 %	0 %	20 %	225618953
65	NC_012225	GAA	2	6	2236	2241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618953
66	NC_012225	TAA	2	6	2273	2278	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
67	NC_012225	TAT	2	6	2279	2284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618953
68	NC_012225	CTA	2	6	2321	2326	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618953
69	NC_012225	TAAT	2	8	2334	2341	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
70	NC_012225	ATT	2	6	2375	2380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012225	T	6	6	2399	2404	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012225	TTAT	2	8	2413	2420	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012225	ATTA	2	8	2426	2433	50 %	50 %	0 %	0 %	225618954
74	NC_012225	TTC	2	6	2479	2484	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618954
75	NC_012225	TCC	2	6	2563	2568	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225618954
76	NC_012225	AT	3	6	2602	2607	50 %	50 %	0 %	0 %	225618954
77	NC_012225	AT	3	6	2631	2636	50 %	50 %	0 %	0 %	225618954
78	NC_012225	TAA	2	6	2649	2654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618954
79	NC_012225	AATT	2	8	2670	2677	50 %	50 %	0 %	0 %	225618954
80	NC_012225	A	6	6	2685	2690	100 %	0 %	0 %	0 %	225618954
81	NC_012225	ACATAT	2	12	2733	2744	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	225618954
82	NC_012225	ATT	2	6	2789	2794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618954
83	NC_012225	T	6	6	2804	2809	0 %	100 %	0 %	0 %	225618954
84	NC_012225	GCA	2	6	2837	2842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225618954
85	NC_012225	T	6	6	2843	2848	0 %	100 %	0 %	0 %	225618954
86	NC_012225	TCTG	2	8	2854	2861	0 %	50 %	25 %	25 %	225618954
87	NC_012225	TTC	2	6	2875	2880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618954
88	NC_012225	TAT	2	6	2889	2894	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618954
89	NC_012225	AT	3	6	2893	2898	50 %	50 %	0 %	0 %	225618954
90	NC_012225	AGA	2	6	2920	2925	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618954
91	NC_012225	CTT	2	6	2949	2954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618954
92	NC_012225	GAA	2	6	2958	2963	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618954
93	NC_012225	CTTTG	2	10	2997	3006	0 %	60 %	20 %	20 %	225618954
94	NC_012225	ATT	2	6	3046	3051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618954
95	NC_012225	TAA	2	6	3068	3073	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618954
96	NC_012225	TAAA	2	8	3099	3106	75 %	25 %	0 %	0 %	225618954
97	NC_012225	ATA	2	6	3162	3167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012225	T	7	7	3168	3174	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012225	TTTA	2	8	3192	3199	25 %	75 %	0 %	0 %	225618955
100	NC_012225	CAA	2	6	3213	3218	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	225618955
101	NC_012225	TCT	2	6	3284	3289	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618955
102	NC_012225	CTT	2	6	3291	3296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618955
103	NC_012225	ATA	2	6	3300	3305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618955
104	NC_012225	CAT	2	6	3312	3317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618955
105	NC_012225	T	6	6	3328	3333	0 %	100 %	0 %	0 %	225618955
106	NC_012225	TAT	2	6	3355	3360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618955
107	NC_012225	TTTA	2	8	3370	3377	25 %	75 %	0 %	0 %	225618955
108	NC_012225	T	6	6	3442	3447	0 %	100 %	0 %	0 %	225618955
109	NC_012225	TCT	2	6	3449	3454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618955
110	NC_012225	T	7	7	3472	3478	0 %	100 %	0 %	0 %	225618955
111	NC_012225	TAG	2	6	3597	3602	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618955
112	NC_012225	TCT	2	6	3641	3646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618955
113	NC_012225	TA	3	6	3709	3714	50 %	50 %	0 %	0 %	225618955
114	NC_012225	GAA	2	6	3740	3745	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618955
115	NC_012225	TTTC	2	8	3750	3757	0 %	75 %	0 %	25 %	225618955
116	NC_012225	TA	3	6	3767	3772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012225	AT	3	6	3806	3811	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012225	ATT	3	9	3827	3835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012225	ATT	2	6	3839	3844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012225	AAT	2	6	3886	3891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012225	A	6	6	3892	3897	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012225	T	6	6	3908	3913	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012225	AAAAT	2	10	3930	3939	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012225	ATAA	2	8	3952	3959	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012225	A	7	7	4039	4045	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012225	GAA	2	6	4077	4082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618956
127	NC_012225	TA	3	6	4109	4114	50 %	50 %	0 %	0 %	225618956
128	NC_012225	A	6	6	4215	4220	100 %	0 %	0 %	0 %	225618956
129	NC_012225	GAA	2	6	4227	4232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618956
130	NC_012225	A	6	6	4231	4236	100 %	0 %	0 %	0 %	225618956
131	NC_012225	AGA	2	6	4260	4265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618956
132	NC_012225	TGA	2	6	4280	4285	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618956
133	NC_012225	TGA	2	6	4349	4354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618956
134	NC_012225	TA	3	6	4357	4362	50 %	50 %	0 %	0 %	225618956
135	NC_012225	AAT	2	6	4372	4377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618956
136	NC_012225	A	6	6	4390	4395	100 %	0 %	0 %	0 %	225618957
137	NC_012225	T	7	7	4403	4409	0 %	100 %	0 %	0 %	225618957
138	NC_012225	GTT	2	6	4417	4422	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225618957
139	NC_012225	T	7	7	4421	4427	0 %	100 %	0 %	0 %	225618957
140	NC_012225	AGGA	2	8	4466	4473	50 %	0 %	50 %	0 %	225618957
141	NC_012225	ATA	2	6	4486	4491	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618957
142	NC_012225	TAA	2	6	4518	4523	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618957
143	NC_012225	TAT	2	6	4546	4551	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618957
144	NC_012225	ATA	2	6	4558	4563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618957
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159	NC_012225	AGAGG	2	10	4920	4929	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_012225	TAT	2	6	4957	4962	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_012225	TA	3	6	4986	4991	50 %	50 %	0 %	0 %	225618958
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278	NC_012225	ATG	2	6	9024	9029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618961
279	NC_012225	GGC	2	6	9095	9100	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	225618961
280	NC_012225	ATG	2	6	9160	9165	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618961
281	NC_012225	CTT	2	6	9181	9186	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618961
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283	NC_012225	A	7	7	9261	9267	100 %	0 %	0 %	0 %	225618961
284	NC_012225	CTG	2	6	9295	9300	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	225618961
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286	NC_012225	GTT	2	6	9519	9524	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225618961
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288	NC_012225	T	6	6	9588	9593	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_012225	AAT	2	6	9594	9599	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_012225	ATT	2	6	9619	9624	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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293	NC_012225	TAAAA	2	10	9646	9655	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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295	NC_012225	TAC	2	6	9678	9683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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300	NC_012225	AT	3	6	9830	9835	50 %	50 %	0 %	0 %	225618962
301	NC_012225	TA	3	6	9847	9852	50 %	50 %	0 %	0 %	225618962
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315	NC_012225	TA	3	6	10492	10497	50 %	50 %	0 %	0 %	225618962
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414	NC_012225	TCTG	2	8	13273	13280	0 %	50 %	25 %	25 %	225618964
415	NC_012225	AGC	2	6	13312	13317	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225618964
416	NC_012225	CTT	2	6	13341	13346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618964
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421	NC_012225	AT	3	6	13580	13585	50 %	50 %	0 %	0 %	225618964
422	NC_012225	AGCA	2	8	13630	13637	50 %	0 %	25 %	25 %	225618964
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426	NC_012225	TC	3	6	13705	13710	0 %	50 %	0 %	50 %	225618964
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448	NC_012225	TAT	2	6	14346	14351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618964
449	NC_012225	TAA	2	6	14353	14358	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618964
450	NC_012225	CTT	2	6	14370	14375	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618964
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452	NC_012225	TTTCA	2	10	14479	14488	20 %	60 %	0 %	20 %	225618964
453	NC_012225	TAAA	2	8	14502	14509	75 %	25 %	0 %	0 %	225618964
454	NC_012225	AATA	2	8	14513	14520	75 %	25 %	0 %	0 %	225618964
455	NC_012225	TGTA	2	8	14586	14593	25 %	50 %	25 %	0 %	225618964
456	NC_012225	T	8	8	14594	14601	0 %	100 %	0 %	0 %	225618964
457	NC_012225	TAA	2	6	14609	14614	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618964
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464	NC_012225	ATT	2	6	14770	14775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618964
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466	NC_012225	ATT	2	6	14848	14853	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618964
467	NC_012225	TAT	4	12	14856	14867	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618964
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471	NC_012225	TAATAT	2	12	15096	15107	50 %	50 %	0 %	0 %	225618964
472	NC_012225	AT	3	6	15113	15118	50 %	50 %	0 %	0 %	225618964
473	NC_012225	TTA	2	6	15128	15133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618964
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475	NC_012225	T	6	6	15152	15157	0 %	100 %	0 %	0 %	225618964
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486	NC_012225	TATT	2	8	15410	15417	25 %	75 %	0 %	0 %	225618964
487	NC_012225	TA	3	6	15435	15440	50 %	50 %	0 %	0 %	225618964
488	NC_012225	TA	3	6	15538	15543	50 %	50 %	0 %	0 %	225618964
489	NC_012225	AAG	2	6	15595	15600	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618964
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491	NC_012225	TCT	2	6	15641	15646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618964
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493	NC_012225	AAT	2	6	15687	15692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618964
494	NC_012225	TCT	2	6	15703	15708	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618964
495	NC_012225	TCT	3	9	15749	15757	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618964
496	NC_012225	AGA	2	6	15760	15765	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618964
497	NC_012225	TATAA	2	10	15771	15780	60 %	40 %	0 %	0 %	225618964
498	NC_012225	TCT	2	6	15791	15796	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618964
499	NC_012225	GTATA	2	10	15837	15846	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
500	NC_012225	TA	4	8	15843	15850	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

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